为规范保健食品审批，卫生部印发了《真菌类保健食品评审规定》和《益生菌类保健食品评审规定》。 
《真菌类保健食品评审规定》
第一章　总则
　　真菌类保健食品系列指利用可食大型真菌和小型丝状真菌的子实体或菌丝体生产的具有特定功能的产品。真菌类保健食品必须安全可靠，即食用安全，无毒无害，生产用菌种的生物学、遗传学、功效学特性明确和稳定。
　　对可食真菌菌种的具体规定。
　　保健食品的真菌菌种检定单位由卫生部认定公布。
第二章　评审规定
　　申报真菌类保健食品应提交的申报材料；真菌类保健食品生产企业应建立的档案资料规定；真菌类保健食品生产企业应具备的生产条件；对生产菌种及工艺变更的规定；对真菌类保健食品的冠名规定；真菌菌种在发酵过程中，除培养基外，不得加入具有功效成分的动植物及其它物质；经过基因修饰的菌种不得用于生产保健食品。
可用于保健食品的真菌菌种名单
　　酿酒酵母　　产朊假丝酵母　　乳酸克鲁维酵母　　卡氏酵母　　蝙蝠蛾拟青霉　　灵芝
　　紫红曲霉　　红曲霉　　　　　蝙蝠蛾被毛孢　　　紫芝　　　　松杉灵芝
真菌菌种检定单位名单
　　卫生部食品卫生监督检验所
　　中国科学院微生物研究所
　　南开大学生命科学院

《益生菌类保健食品评审规定》
　　益生菌类保健食品系指能够促进肠内菌群生态平衡，对人体起有益作用的微生物制剂。
　　益生菌菌种必须是人体正常菌群的成员，可利用其活菌、死菌及其代谢产物。益生菌类保健食品必须安全可靠，即食用安全，无不良反应；生产用菌种的生物学、遗传学、功效学特性明确和稳定。
　　保健食品的益生菌菌种名单、检定单位均由卫生部公布。
　　规定了益生菌类保健食品申报应提交的资料。
　　益生菌保健食品生产用菌种应满足的条件。
　　益生菌保健食品生产企业应具备的条件。生产用菌种及生产工艺不得变更，否则产品必须重新申报。
　　不提倡以液态形式生产益生菌类保健食品活菌产品。
　　活菌类益生菌保健食品在其保存期内活菌数目不得少于 106cfu/mL(g)。
　　益生菌保健食品如需在特殊条件下保存，应在标签和说明书中标示。
　　所用益生菌菌种在其发酵过程中，除培养基外，不得加入具有功效成分的动植物及其物质。
　　经过基因修饰的菌种不得用于保健食品。
可用于保健食品的益生菌菌种名单
　　两歧双歧杆菌　　婴儿双歧杆菌　　长双歧杆菌　　短双歧杆菌　　青春双歧杆菌
　　保加利亚乳杆菌　嗜酸茹杆菌　　　嗜热链球菌　　干酪乳杆菌干酪亚种
益生菌菌种检定单位名单
　　卫生部食品卫生监督检验所
　　中国科学院微生物研究所