确定正确的生产工艺，是保证保健食品能否顺利的投入生产和保证产品质量的基本条件,有些在进行保健食品研制和开发时，开始往往在实验室或者较小试验规模情况下制备，其功能学评价、产品质量等指标相当满意，可在正式工厂化生产时，往往会各种问题，或者是生产难度较大，或者质量不稳，或者功效不理想等等。出现这些问题的原因很多，但往往主要的是生产工艺不合理，有的研制者在研制出的保健食品时，没有经过中间试验，就直接投入工业化生产，难免会出现问题或造成失败。
为什么实验室研究和工业化生产之间存在着很大的差别呢？原因是不论所处的工作环境和条件、原料和设备，还是所处理的物料的数量及方法，都不在一个水平上,在实验室能够成功的实验到生产中不一定能够成功，实验室中能达到的纯度和质量指标在工厂中就可能难以达到。因此，一个产品从实验室到工厂生产，必须经过中试才行，其中有些工艺比较复杂，生产条件要求较严格的还需经过多次放大试验。中试的目的是检验小试确定的工艺是否合理，确定最佳工艺条件和工艺参数，确定适用的设备、考察水、电、汽的消耗量及生产率等，从而计算产品的成本。通过中试确定正确的生产工艺，并依据中试数据编制可行性研究报告。
在确定生产工艺时，应掌握以下原则[2]：
(1) 生产工艺应合理、稳定、成熟，适合工业化生产；
生产工艺必须合理、稳定、成熟。因为一经确定生产工艺，并在申报、审批过程中通过，生产中就必须按照申报所批准的工艺组织生产，不得随意改动。工艺的改变往往会造成产品质量的改变并影响产品的功能。
生产工艺必须适合工业化生产，一些工艺在小试中可行，但生产中可能行不通。例如利用乙醚脱脂或乙醚提取某些功效成分，在实验室中问题不大，但在工厂生产中由于乙醚的高度挥发性和易燃性，就很难采用。在小试中，液体物料的转移传送常用人工，而在生产中就不合适，需要设计物料的传送方式与传送设备。有时，在实验室中，提取液含有较多的杂质，或者粘性较大，由于数量小，可以花很长的时间分离。但在生产中可能会造成分离困难，影响生产的顺利进行，就得考虑改变提取溶剂或改变提取条件或采取其他一些措施。总起来说，在设计生产工艺中，一定要从工厂化生产出发，保证生产的顺利进行。
(2) 生产工艺不能对产品的功能产生不利影响；
功能性是保健食品区别于普通食品的一个最重要的待点，生产工艺是否合理，对功能具有重要影响。首先，要考虑功效成分能否提取出来，提取是否完全。如果功效成分在水中的溶解度比较小，而采用水提法，虽然提取了许多水溶性成分，但功效成分却提出不够，则会影响功能效果；而采用醇提法，则一些不溶于的成分也难提出，因此必须根据功效成分的溶解性采用合适的溶剂。有的物料提取比较缓慢或者提取困难，则可考虑在工艺进行前处理，进行脱蜡或破壁，常常选择生物酶进行酶解以提高提取效率并加快提取速度。有些成分在不同PH值条件下提取效率差别很大，工艺上应确定其适宜的pH条件。其次，工艺条件不应该使营养成分和功效成分受到破坏。在不少食品加工厂中，这一条常常被忽略，造成保健食品的营养价值和功能作用大打折扣。例如，过高的温度、过长的加热时间、不适宜的酸碱度、局部的过热，都会造成某些成分的氧化、分解，导致产品功能降低。为了最大限度地保存营养和功效成分，常采用减压蒸馏、低温分离、低温干燥等工艺，特别是对于含有不稳定成分的物料，重要特别注意。有时常用添加保护剂的方法，如抗氧化剂、大分子包膜剂等防止不稳定成分的损失。如果需要用同一种溶剂从几种原料中进行提取，但几种原料提取难易不同，最好不要混合提取。混合提取虽然工艺简单，但是难确定合适提取条件。条件温和、时间短，有的原料提取不充分；条件强烈、时间过长，又会造成易提取物质成分的破坏。比较合理的工艺是分别提取和处理，再进行混合。
(3)工艺连续性强，尽量减少手工操作；
为了提高保健食品的质量水平和卫生标准，其生产不能停留在作坊式水平上，其工艺流程应尽可能连续化、自动化，最好是程控化。原料的清洗、去杂、粉碎最好采用机械，物料传送应用传送带和管道，温度和压力控制应自动化，前后工序的衔接应合理。工艺中尽量减少笨重的体力劳动，减少用手接触物料，减少食品受污染的机会。
(4)工艺简单、流程简捷；
保健食品的生产工艺以能生产出高功效、高品质的产品为目的，能以较简捷的流程达到目的就无需追求复杂的工艺流程。工艺流程越长、工序越多，就越增加生产的成本，增加原料的损耗和产品受污染的机会。如果同一产品有几个不同的工艺流程可以利用，应选工艺相对简单、技术容易掌握、成本低、质量好的工艺。如果利用水提取同用有机溶剂提取相差不大，尽量采用水提法；用常温常压可达到要求的，就不用高温高压。功效成分作为食品的一个原料，不需要高度纯化就可以的情况下，就没有必要增加精制纯化工序。总之，保健食品生产工艺应该简捷、方便。但是，必需的工艺程序不能随便省去，否则会对产品造成不利影响。
(5)运行成本低；
运行成本是产品成本的重要组成部分，保健食品的生产工艺应该考虑运行成本的高低。一般来说，用有机溶剂提取成本高于水提法，但电耗、汽耗、水耗等都影响产品的成本。例如，干燥常是生产中耗能最高的工序，工艺中应考虑能耗较低的方法，如低温流化床。溶液喷雾干燥耗能很大，常将溶液先进行真空浓缩，提高料液中固形物含量，再进行喷干，这样就减少了喷雾干燥中水分的蒸发量，可节省大量的热能电能。
(6)尽可能采用先进技术和先进设备；
我国食品生产技术相对比较落后，在进行保健食品生产时，应采用一些先进技术。新的先进技术有助于：提高产品的质量，提高效率，增强产品的功能，克服了落后设备的一些不足，工艺设计时应给予应有的关注。 
正确的工艺包括有机溶剂的回收利用、余热的利用和水、汽的循环利用，都有利于降低工厂运行成本。保健食品各种各样，正确的生产工艺不一定都考虑上述6条，但至少应保证生产上可行，功能可靠，产品质量有保证，并尽量降低生产成本。只有合理、稳定、可靠的生产工艺，才能保证产品的稳定和可靠。