由于保健食品的各种功效成分或标志性成分在贮存过程中易受空气、温度、湿度、光线、微生物等因素的影响而发生各种复杂的物理、化学或生物化学方面的变化，进而影响保健食品的质量及使用安全，故选用适宜的包装材料及先进的包装技术与保健食品质量的优劣紧密相关，保健食品包装的主要作用首先是保护保健食品质量，防止保健食品功效成分或标志性成分失效变质。
(一)保护保健食品的功效成分或标志性成分
凡保健食品不管其剂型物态如何，一般均有遇空气易氧化、染菌，遇光易分解变色，遇湿易潮解变质，遇热易挥发、软化、熔解、崩裂，激烈的震动使变形、碎裂等等问题发生。保健食品物理性质或化性质的改变，均会使功效成分或标志性成分失效，不但不能起到保健作用病，有的反而会致病。况且多数保健食品有二年到三年左右的工厂保质期，在这么长的时间内，通过容器壁的微孔(如聚乙烯、聚丙烯等塑料)或容器与盖之间的间隙(密封不严实或变形)进入气体、水分都会导致保健食品的变质。在保质期内，保健食品保存中存在的问题由生产厂家承担责任。所以，保护功能对厂家、消费者来说皆至关重要。保健食品包装不论在造形、结构和装璜的设计上，还是材料的选择上，都应把保护功能作为首要因素来考虑，而保护功能的各个方面中(如防震、防寒、防热、防辐射、防虫蛀等等)，又以密封，即彻底与外界隔绝最为重要。
1.阻隔作用
包装应使容器内的药物成分不能穿透、逸漏出去，而外界的空气、光线、水分、热、异物、微生物……不得进入容器内与药品接触。许多保健食品的稳定性和疗效会随进入或逸出它们的包装容器的气体、光、热、水分……而发生改变。如片剂、冲剂等固体制剂因吸潮而发霉变质；口服液等液体型保健食品因受温度、光、空气、微生物的作用而发酵……。阻隔作用方面应突出考虑的有以下几方面的问题：
(1)防穿透:挥发性功效成分或标志性成分能溶解于包装材料的内侧，借渗透压的作用向另一侧扩散移动。即挥发性成从可容器壁的分子间扩散出来。从包装外面可以明显闻出药味来。尤其是纸装、聚乙烯单层塑料薄膜之类的包装，具明显的透气、透光、透水分的性能，不但药物芳香成分从壁逸出，而气体(如O2、CO2)、水蒸汽等能直接透过包装材料进入容器，影响保健食品的稳定性。诸如芸香草油之类，它对一般有机物的包装材料有强的溶蚀作用，穿透性更明显，盛于明胶作的硬胶囊壳内不到两周就穿透出来。为了防止穿透现象的产生，在选择包装材料时应选择透性小的材料作药品的单个包装。这方面各种复合膜容器、玻璃容器、金属容器、陶瓷容器效果较好。
(2)防泄漏:保健食品的挥发性或不挥发性组分、固体或液体药物经过不连续或包装材料，如材料上的针孔、裂缝或盖与容器之间的间隙而逸出或漏出。这种情况多半发生在包装容器的结构设计和包装工艺不当的情况下，当然有时也因选料不当而造成。
(3)遮光:维生素E等功效成分遇光线照射而氧化变质，包衣丸、片(尤柠檬黄着色衣)因光照而颜色变暗。对这类保健食品的包装，除密封外还需遮光。保健食品包装遮光常采用三种办法：①传统多用棕色瓶或瓶内各物用纸包裹；②新材料系用铝塑合膜，铝、纸塑复合膜；③在包装材料内添加遮光剂，如二氧化钛之类。
3.缓冲作用
保健食品在运输、贮存过程中，要受到各种外力的振动、冲击和挤压，易造成破损。如玻瓶包装易碎裂；薄膜、纸袋之类包装又易压变形。为此，保健食品包装应具有缓冲作用，以防止震动、冲击和挤压。
(1)衬垫的作用:单个包装的内外都要使用衬垫，它是密封装置的重要组成部分，是防止震动的有利措施。丸、片等固体药物，常于容器内多余空间部位填装消毒的棉花、纸条或塑料盖上带的塑料弹簧圈，使瓶子寒满后药物无移动的空问。单个包装的外面(即容器之问)多使用瓦楞纸或硬质塑料作成瓦楞形槽板，将每个容器固定且分隔起来。目前还有用新材料：发泡聚乙烯、泡沫聚丙烯及聚乙烯和聚苯乙烯共聚树脂泡沫等缓冲材料作成缓冲包装的，效果良好。
(2)外包装又称分发包装:系以具一定机械强度的材料制成的大容器，具有防震、耐压和封闭的作用。
国际运输包装：除一般要求外，对完整、满装的运输包装，还要进行如下项目的检测：
①标示包装的部位及牢固性；②对温度、湿度的调节性能；③堆码实验；④通过跌落进行垂直碰撞实验；⑤水平碰撞实验、斜面试验、摆动试验等。
4.其它
包装材料内的表面与保健食品长期接触中不能发生任何作用，而且其释出物与保健食品之间、保健食品释出的功效成分或标志性成分与包装材料之间也不能产生任何作用。
另外，包装材料如塑料的降解产物，涂料、塑料、橡胶等材料中所含的各种添加剂(如
增塑剂、润滑剂、脱模剂、稳定剂、抗氧剂、抗静电剂、色素等)，在贮存过程中若逐渐释出会污染保健食品，必须慎重考虑。